İznik Ayasofya Müzesi, İznik'in tam ortasında, surlarla çevrili kentin dört kapısından gelen yolların kesiştiği yerde inşa edilmiş olan yapıdır. Hristiyanlıkla ilgili önemli kararların alındığı 7. konsil 787 yılında bu kilisede toplanmıştır. 1331'den sonra Orhan Gazi camiye dönüştürmüştür. Kanuni Sultan Süleyman (1520-1566) döneminde, Mimar Sinan bir mihrap ilave edip yan neflerde büyük kemer açıklıkları oluşturulmuştur. 2007 yılında yapıda restorasyon çalışmaları başlatılmıştır. Restorasyon öncesi minareye dönüştürülen çan kulesi çok harap ve yıkık durumdaydı.

Müze olarak kullanılan yapının tekrar camiye dönüştürülmesi için yapılan restorasyon çalışmaları tartışmalara yol açmıştır. Bir dönem müze olarak kullanılmış tarihi cami, 6 Kasım 2011 tarihinde, yaklaşık 90 yıl aradan sonra bayram namazının kılınmasıyla ibadete açıldı. Tarihi müze hakkındaki araştırmalardan belgeseller yapılmıştır.